首先，在中小城市排水管理上普遍存在多頭治水，如建委管項目，環保局管污水處理廠，城管執法局管監察等，沒有一個部門系統地負責排水管理和污水處理問題，多頭管理的同時又造成很多事情沒有主管部門。

其次，規劃、設計能力嚴重滯后。排水和污水處理設施的設計思路、規范等，基本沿用大城市建設的原有經驗，而缺少針對預防城市水患的改進和針對中小城市發展特點的改變。如排水體制選擇機械，管網設計標準低，雨水徑流減排技術等雨洪利用技術得不到應用；污水處理廠設計照搬大城市生活污水處理廠的設計思路，缺少針對工業廢水排放的處理設施，缺少針對中小城市水質、水量波動大情況的應對措施，污泥處置和再生水回用不能同步規劃等。

參與調查的城市中只有4個城市有城市雨水處理、利用規劃，并在“十二五”期間有城區回用水規劃，約占總城鎮數量的24%。近幾年，中雨以上出現城市內澇的城市有15個，占比為88%。

調查顯示，大部分中小城市污水處理廠受工業廢水沖擊較大，55%的污水處理廠每天、每周或每月受到較為嚴重的水質沖擊。水量沖擊也值得關注，下雨時（中雨以上），污水廠進水量增加超過正常值20%以上的有7座，超過正常值50%以上的有4座。

重建輕管現象普遍。目前中小城市在排水和污水處理設施管理上普遍存在缺少日常巡視、養護、維修等問題，缺乏專業排水管理能力和設施運營能力。對突發事件的管理常處于被動應付狀態，缺少防控機制和應對措施。日常管理法律責任主體不明確，缺少執法依據，執法力度明顯不足，如很多中小城市都存在大范圍的污水灌溉，但都說不清該由誰來管。特別是對于水污染的重災區——工業園區的管理，更是缺少針對性的管理措施和環境安全預警、應急防控對策。

參與調查的城市有47%無管網管理費用，需要在出現問題時，臨時向財政申請費用；每年有固定的養護費用預算的只有25%，有固定的大修和翻新費用預算的有17%。約60%的城市，排水管網的管理沒有明確的養護標準和規范。調查發現，有8個城市有從污水管網或管渠中抽取未經處理的污水用于灌溉的情況，占總城鎮數的47%。調查顯示，58%的工業園區污水接入市政污水管網及市政污水廠，企業污水處理站經常有超標排放情況的占52%。

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